Các chuyên gia cho rằng, trong quá trình xây dựng dự thảo luật, có nhiều vấn đề còn lúng túng như quy hoạch TNN có nên quản lý theo lưu vực sông hay không; đối với những công trình khai thác nước ngầm dưới ngưỡng 20 m3/ngày đêm không cần phải xin cấp phép thì phải tính như thế nào? Trong khi đó, những đối tượng này rất cần phải quản lý chặt vì hằng ngày có hàng nghìn công trình khoan giếng không quản lý được. Ngoài ra, trong nội dung điều hòa nguồn nước, cần làm rõ phạm vi trách nhiệm và quyền hạn giữa cấp trung ương và địa phương.