Trong nghiên cứu cơ bản về khoa học tự nhiên, các đề tài đã thực sự đóng vai trò quan trọng trong việc nâng cao chất lượng giảng dạy của cán bộ. Nhiều đề tài được Quỹ phát triển KH&CN quốc gia xét chọn để áp dụng thí điểm thực hiện. Hoạt động chuyển giao công nghệ, sản xuất kinh doanh của các trường cũng rất mạnh, với tổng doanh thu giai đoạn 2006-2009 đạt 1.806,62 tỷ đồng. Nhiều đề tài, công trình nghiên cứu trong lĩnh vực công nghệ, kỹ thuật có giá trị cao được áp dụng vào thực tiễn. Dù vậy, theo Bộ trưởng Bộ GD-ĐT Phạm Vũ Luận, công tác nghiên cứu KH&CN trong các trường vẫn còn nhiều hạn chế. Các công trình được thực hiện một cách riêng lẻ, chưa gắn kết thành hệ thống ở các trường, cụm trường nên kết quả không có tầm cỡ, trùng lặp và ít có giá trị ứng dụng trong thực tiễn. Riêng mảng nghiên cứu khoa học giáo dục còn thiếu hụt và lạc hậu, không có sự gắn kết giữa nghiên cứu và thực tiễn của ngành giáo dục.