Ngay sau trận chung kết khối TH, Giải bóng đá Hội khoẻ Phù Đổng học sinh Tiểu học, Trung học cơ sở toàn quốc Cup Milo năm 2009 đã bế mạc. Ban Tổ chức Giải đã trao Cúp, cờ, Bằng khen, Huy chương và tiền thưởng (15 triệu đồng mỗi đội) cho đội vô địch: Đội Tiểu học Thành phố Hồ Chí Minh và Đội THCS Đà nẵng; giải Nhì thuộc về đội TH Đồng Nai và đội THCS Hà Nội; giải Ba dành cho các đội: TH Hải Dương, TH Lâm Đồng, THCS Nghệ và THCS Phú Thọ; Giải phong cách được trao cho đội TH Lâm Đồng và đội THCS Nghệ An. Ngoài ra, Ban Tổ chức còn trao giải Thủ môn xuất sắc nhất, và Cầu thủ xuất sắc nhất cho các cá nhân.
Tham gia Giải năm nay có 27 đội bóng đá của hai khối TH và THCS đến từ 21 tỉnh, thành phố trong cả nước là: Hải Dương, Hà Nội, Vĩnh Phúc, Nghệ An, Tuyên Quang, Đồng Nai, Đồng Tháp, Thành phố Hồ Chí Minh, Cần Thơ, Bình Dương, Thừa Thiên - Huế, Lâm Đồng, Quảng Ninh, Phú Thọ, Thái Nguyên, Hoà Bình, Lạng Sơn, Hải Phòng, Đà Nẵng, An Giang, Tiền Giang. Giải diễn ra từ ngày 21/8 - 28/8, tại thành phố Hải Dương, do Bộ Giáo dục và Đào tạo, Hội Thể thao học sinh Việt Nam tổ chức.
Giải Bóng đá HKPĐ học sinh toàn quốc là sân chơi bổ ích cho các em học sinh rèn luyện thân thể trong dịp hè và đánh giá thi đua công tác giáo dục thể chất trong nhà trường. Đông thời, phát hiện để bồi dưỡng đào tạo tài năng bóng đá cho các địa phương và tuyển chọn những cầu thủ xuất sắc bổ sung vào đội tuyển quốc gia để chuẩn bị tham gia Đại hội Thể thao học sinh Đông Nam Á lần thứ nhất và Đại hội Thể thao Olympic học sinh Tiểu học Đông Nam Á lần thứ III năm 2009./.