Chương I - Những quy định chung (từ Điều 1 đến Điều 4) gồm các quy định về phạm vi điều chỉnh; đối tượng áp dụng; các hình thức xử phạt vi phạm hành chính và biện pháp khắc phục hậu quả trong hoạt động CGCN; thời hiệu xử phạt đối với hành vi vi phạm hành chính. Chương II - Hành vi vi phạm hành chính, hình thức xử phạt và mức phạt (từ Điều 5 đến Điều 14) quy định về các hành vi: Lợi dụng hoạt động CGCN làm tổn hại đến lợi ích quốc phòng, an ninh, quyền và lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân; CGCN gây hậu quả xấu đến sức khoẻ con người, đạo đức, thuần phong mỹ tục của dân tộc; CGCN thuộc Danh mục công nghệ cấm chuyển giao, chuyển giao trái phép công nghệ thuộc Danh mục công nghệ hạn chế chuyển giao; vi phạm quyền CGCN về sở hữu và sử dụng công nghệ; vi phạm trong việc lập và thực hiện hợp đồng CGCN, hợp đồng dịch vụ CGCN; vi phạm trong kinh doanh dịch vụ CGCN; vi phạm quy định về báo cáo trong hoạt động CGCN; vi phạm nghĩa vụ về sử dụng và chuyển giao kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ được tạo ra bằng ngân sách nhà nước; vi phạm chính sách khuyến khích ứng dụng, chuyển giao, đổi mới công nghệ; cản trở người thi hành nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm hành chính trong hoạt động CGCN. Chương III - Thẩm quyền xử phạt hành chính (từ Điều 15 đến Điều 18) quy định rõ về: Thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính của Thanh tra chuyên ngành về KH&CN; của Chủ tịch UBND cấp huyện và Chủ tịch UBND cấp tỉnh; của Công an nhân dân; của Hải quan, cơ quan thuế và Thanh tra chuyên ngành khác. Nghị định có hiệu lực từ ngày 31.7.2009, thay thế cho Nghị định số 16/2000/NĐ-CP ngày 10.5.2000 của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực quản lý nhà nước về CGCN.
