Để đánh giá chất lượng nước của các nhánh sông phục vụ cho sản xuất và sinh hoạt, Trung tâm Quan trắc và Phân tích môi trường đã tiến hành khảo sát và lựa chọn 75 điểm lấy mẫu trên các nhánh sông chính và 80 điểm lấy mẫu trên nhánh sông phụ với 29 thông số ô nhiễm đặc trưng. Kết quả phân tích chất lượng nước trên các nhánh sông chính trên địa bàn tỉnh Hải Dương sẽ so sánh với QCVN 08:2009/BTNMT: Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về chất lượng nước mặt. Phương pháp nghiên cứu áp dụng hệ thống chất lượng nước WQI có tính chất quốc tế.
Kết quả quan trắc và phân tích chất lượng nước tại các điểm lấy mẫu cho thấy: hết các nhánh sông tự nhiên đều bị ô nhiễm bởi tổng chất rắn lơ lửng, các nhánh sông nội đồng có dấu hiệu ô nhiễm các hợp chất hữu cơ, các chất dinh dưỡng và E.coli nhiều hơn. Nguyên nhân là do nước thải các khu công nghiệp, cơ sở sản xuất, kinh doanh, nước thải sinh hoạt không được xử lý triệt để trước khi thải ra môi trường; ở các khu vực đô thị, thị tứ, thị trấn, hệ thống cơ sở hạ tầng chưa đồng bộ, chưa có hệ thống xử lý nước thải tập trung trước khi chảy vafot hủy vực ao hồ, hệ thống sông làm ô nhiễm môi trường nước nghiêm trọng; ở khu vực nông thôn chưa có hệ thống thoát nước mưa và nước thải, cáo ao hồ, kênh mương thoát nước bị san lấp nhiều gây ngập úng cục bộ; nước thải của các hộ chăn nuôi thải trực tiếp cũng làm cho các thủy vực tiếp nhận bị suy giảm mạnh, nhiều chỉ tiêu như BOD5, COD, NH4+ , Colifom cao hơn tiêu chuẩn cho phép nhiều lần, gây ảnh hưởng tới những nơi còn sử dụng nước ao, hồ làm nguồn nước phục vụ sinh hoạt. Kết quả phân tích trên làm cơ sở cho việc tính toán lựa chọn bộ chỉ số chất lượng môi trường nước sông phù hợp với điều kiện tự nhiên, môi trường, kinh tế xã hội của tỉnh Hải Dương
Việc nghiên cứu chỉ số chất lượng nước để đánh giá phân vùng chất lượng nước trên các nhánh sông chính trên địa bàn tỉnh sẽ là một công cụ quản lý và cung cấp thông tin đơn giản mà hiệu quả trong công tác quản lý chất lượng nước và quy hoạch phát triển trên địa bàn tỉnh Hải Dương. Năm 2012, Trung tâm Quan trắc và Phân tích môi trường tiếp tục nghiên cứu đánh giá và đưa ra bản đồ phân vùng chất lượng nước theo thang giá trị dựa trên chỉ số chất lượng nước; đánh giá khả năng chịu tải của từng nhánh sông và xây dựng bản đồ chuyên đề; đề xuất các giải pháp phù hợp, kinh tế, hiệu quả để bảo vệ môi trường và khuyến cáo xả thải với các nhánh sông lựa chọn