Tuy nhiên do phương pháp để giống truyền thống và canh tác cổ truyền lúa nếp cái Hoa Vàng Kinh Môn nên năng suất lúa thấp và bị lẫn giống do trồng cùng vùng, cùng thửa với nhiều giống nếp khác dẫn đến chất lượng gạo giảm. Nên giống lúa Nếp cái Hoa Vàng Kinh Môn dần mai một, không được bảo tồn diện tích còn lại ít. Do đó, giải pháp phục tráng là biện pháp cần thiết khắc phục tình trạng này.
Trong năm 2021, 2022 Viện Cây lương thực và Cây thực phẩm đã phục tráng xong giống lúa Nếp cái Hoa Vàng Kinh Môn. Năm 2023 tiến hành thực hiện xây dựng mô hình khai thác và phát triển bền vững giống lúa Nếp cái Hoa Vàng Kinh Môn sau phục tráng với quy mô 125ha.
Phục tráng giống được tiến hành theo Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 12181: 2018 về Quy trình sản xuất hạt giống cây trồng tự thụ phấn.Sau khi được phục tráng cho thấy: Khả năng chống đổ khá, chống chịu tốt với bệnh đạo ôn và rầy nâu, ít nhiễm bạc lá và khô vằn, sâu cuốn lá, sâu đục thân, chịu chua, phèn thích ứng với các chân đất vàn thấp. Thời gian sinh trưởng 147- 150 ngày, Số bông/m2: 200 - 240 bông, hạt chắc mẩy, tỷ lệ lép 5 - 15%, khối lượng 1000 hạt: 24 - 25 gam. Năng suất vụ mùa đạt 40 - 45 tạ/ha. Hàm lượng amylose thấp, xôi mềm, thơm.
Giống lúa Nếp cái Hoa Vàng là giống được chọn lọc từ giống lúa nếp địa phương. Được công nhận lưu hành đặc cách theo Quyết định số: 197/QĐ-TT-CLT ngày 29/05/2023 của Cục trồng trọt - Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn.
